Kurikulum Prodi Kedokteran dan Pendidikan Profesi Dokter Fakultas Kedokteran Universitas Negeri Surabaya dirancang dengan menggunakan sistem blok yang diatur sedemikian rupa agar mahasiswa memperoleh kompetensi secara bertahap dan terstruktur. Kurikulum Prodi Kedokteran dan Pendidikan Profesi Dokter Fakultas Kedokteran Universitas Negeri Surabaya terdiri atas 5 (lima) fase dalam dua tahapan, yaitu tahap sarjana dan tahap profesi. Tahap sarjana terdiri atas 4 fase (fase adaptasi, fase pramedik, fase praklinik, dan fase pengembangan diri) sedangkan tahap profesi terdiri atas 1 fase (fase rotasi klinik). Setiap fase meliputi beberapa blok/mata kuliah.

Secara rinci, fase dan mata kuliah sebagai berikut.

1. Fase Adaptasi. Fase adaptasi diberikan pada semester 1, meliputi Humaniora & Masalah Kesehatan, Daur Hidup, Sel dan Molekul, dan keterampilan klinik dasar 34 tentang komunikasi.
2. Fase Pramedik. Fase pramedik diberikan pada semester 2, meliputi Ilmu Dasar Tubuh Manusia 1, Ilmu Dasar Tubuh Manusia 2, Ilmu Dasar Tubuh Manusia 3, dan keterampilan klinik dasar tentang pemeriksaan fisik dasar dan Basic Life Support.
3. Fase Praklinik. Fase ini diberikan pada semester 3-6. Semester 3 meliputi sistem respirasi, kardiovaskuler, endokrin, dan keterampilan klinik dasar tentang Respirasi-Kardiovaskuler-Endokrin. Semester 4 meliputi sistem pencernaan, ekskresi, reproduksi, dan keterampilan klinik dasar tentang Pencernaan-Urogenital. Semester 5 meliputi neurosensoris, neurobehaviour, hemato-imunologi, dan keterampilan klinik dasar tentang Neuro. Semester 6 meliputi lokomotor, kedokteran olahraga, emergensi dan trauma, dan keterampilan klinik dasar tentang musculoskeletal.
4. Fase Pengembangan diri. Fase pengembangan diri diberikan pada semester 7, meliputi mata kuliah elektif: Kedokteran Olahraga Pada Penyakit, Kedokteran Olahraga Disabilitas, Kedokteran olahraga pada Atlet, dan Kedokteran Olahraga Rekreasi. Mahasiswa diwajibkan memilih 1 mata kuliah pilihan.
5. Fase Rotasi Klinik. Fase rotasi klinik dilakukan pada tahap profesi dokter, yaitu semester 8- 11. Pembelajaran berupa work-based learning (WBL). Rotasi klinik terdiri atas Interna, Pediatri, Ilmu Penyakit kulit & Kelamin, Psikiatri, Ilmu Penyakit Saraf, Ilmu Penyakit Mata, IKM/KP/KK, Bedah, Obstetri & Ginekologi, Ilmu penyakit THT, Ilmu Kedokteran Forensik, Radiologi, dan Anestesiologi.

      Selain pembelajaran ilmu kedokteran, FK UNESA juga memiliki mata kuliah wajib umum untuk mahasiswa. MKWU UNESA meliputi mata kuliah Bahasa Indonesia, Pendidikan Agama, Pendidikan Pancasila, Pendidikan Jasmani & Kebugaran, Literasi Digital, Pendidikan Kewarganegaraan, Metodologi 35 penelitian, KKN, dan Skripsi. KKN mahasiswa diarahkan pada tema kedokteran olahraga. KKN-T Kedokteran Olahraga dapat dilaksanakan di panti wreda, desa/kelurahan, pusat kebugaran, komunitas, atau KONI. Kurikulum FK UNESA juga dirancang dengan mengakomodasi kemampuan berpikir ilmiah bagi mahasiswa melalui mata kuliah metode penelitian dan skripsi.